醫學綜合大樓
本校興建醫學綜合大樓之計畫，早於1994年即已推動並由許常吉建築師完成初步規劃。旋因校方頃力接辦萬芳醫院，而延緩此一計畫，1997年初，校方為使此一北醫建築史上最大量體大樓之設計更臻完善，特別審慎。1997年8月正式對外公告公開競圖，共有8所全國知名之建築師事務所參與角逐，經同年9月29日由全校教職同仁，校友及學生等代表組成60人評選團，利用整日的時間分兩階段無記名投票由謝國正、李萬秋、張啟良聯合建築師事務所雀屏中選，董事會正式決選並通過該事務所設計之醫學綜合大樓設計藍圖及模型，醫學綜合大樓正式進入第1期工程。包括地質鑽探、測量、大地及建築物清查、土地鑑界。由於本工程之量體超過大型建築規範且為學校用地，依法需進行校園整體規劃，並通過都市設計審議委員會審查方可啟建，委託聯宜國際工程顧問公司進行規劃。
都市設計會議過程冗長，於1999年6月17日審查完成，8月16日方通過都審，隨即進行請領建照申請手續。1999年10月取得建照，13日進行大樓前期工程，包括直徑2公尺排水大幹、供水供電及網路光纖之遷移、鋁皮屋拆除及美的杏餐廳喬遷，前期工程於12月3日全部完工。
為配合基地之清理，原植有楓香、樟樹、榕樹等珍貴樹種共280棵大型喬木，需先移植，東吳大學，實踐大學及育達商專等學校熱烈響應移樹活動，尤以桃園傑出農民邱振益先生慨然答應協助其中160株移至大園鄉，該活動於1990年3月21日舉行，訂名為「楓林永續：新北醫、老樹情」植栽遷移活動暨園遊會，媒體踴躍報導，一時傳為佳話。
醫學綜合大樓1999年11月25日完成工程發包，由力甲營造得標，1999年12月18日動土典禮後2000年3月9日正式開挖。由於醫學綜合大樓之基地萬年之前曾為湖泊，後經長年沈積，再經百年開闢為水田。創校初挖山填地，成為今日信義校區，地下40公尺至60公尺之處皆為含水分極高之黏土層，滄海桑田之歷史均可由地質鑽探資料佐証，大樓之連續壁工程初期即遭遇施工困難，尤以靠近行政大樓及杏春樓周圍地層，經歷3次掘孔崩塌，後經地質改良工程才順利完成。
2002年11月獨立的體育館先行落成，2003年春天正式使用，內含室內游泳池、室內球場及健身房，目前已經成為校內師生體育活動的中心。2004年12月，醫學大樓本體也在工作人員的努力下完工。由於該大樓樓高近70公尺，地上十六層，地下三層，樓地板面積高達1萬4,500坪，其樓地板面積是本校過去所有建築樓地板面積的總和，因此師生使用空間大為擴大，經過半年的搬遷工作後，2005年6月正式揭幕啟用，現有嶄新的圖書館，學生活動中心、餐廳、停車埸、行政區、教室群、學生實驗室、會議區及研究群辦公實驗室等等。此一跨世紀的建築不僅提升北醫之教學、研究及服務品質，更促進校園整體的生活方式，而該大樓之興建也間接促成2000年8月教育部通過本校改名大學。
