風起雲湧

北醫是由創校董事捐資興建，從1960年創校以來董事們以團結合作的精神，讓北醫從荒蕪水田逐漸建設為具規模的學府，校內學系由醫、牙、藥三系，護理、醫技兩專科，新增保健營養學系，改制護理、醫技兩專科為學系，而成為臺灣私立醫學院校中，最具規模的醫療專科學院。

1981至1990年這一階段可說是北醫的陣痛期，臺灣民主風潮的外在社會氣氛以及學校內部發展方向的討論，讓此時的北醫有著百花齊放的意見交流。同時，隨著學校規模日益擴大，軟硬體的需求愈為強烈，單以私人興學的財務限制問題逐漸突顯，董事會內部因財務規劃與運用所產生不同的意見，引發董事間的爭議。因此，如何突破發展困境便成為1981-1990年期間，全體北醫人共同關注的問題，不論是董事、院長、校友，乃至於就學中的學子，在這個10年間均積極參與了北醫發展的擘劃過程。

儘管內外交織的意見紛呈，值得慶幸的是在此時掌舵的謝孟雄院長、董大成院長、江萬煊院長共同努力下，學校仍能維持穩定的運作，教學與研究的工作仍持續成長，為下一個10年奠定重要的基礎。

1980年代全國大專院校均快速發展，北醫也在有限的資源下，突破萬難成立創校以來第一所碩士班、博士班，以及兩新學系。

藥學研究所碩士班、中藥醫學研究中心

藥學系的系務會議於1979年9月決議籌設藥學研究所，北醫在11月正式向教育部提出申請。經過4年的連續申請，終於1983年經教育部獲准，自72學年度起開始招生，成為北醫所成立的第一個研究所，且由陳朝洋博士接任藥學系並兼任藥學研究所所長一職。藥研所的成立，對於本校的學術與教學水準有所提升。由於中藥醫學研究所未獲教育部核准，在73學年度第二學期第1次院務會議中，由董大成院長提議並通過增設中藥醫學研究中心以因應本校對於中藥學急切的研究需求。

藥學研究所博士班

為發展我國傳統醫藥邁向科學化的境界與鞏固國內優秀的藥學人才，1987年經教育部奉准，成立了北醫第一個博士班——藥學研究所博士班，自77學年起招生。

公衛系

有鑒於國內環境汙染、公害職業疾病及不平衡生活處境日益嚴重，建立國人衛生保健觀念的強化工作是勢在必行。考量臺灣環境意識日漸高漲，公衛系具相當大的發展潛力，因此江萬煊院長任內特別推動公衛系的成立，經過3年的籌劃，於1988年順利通過教育部的奉准正式成立公衛系，並於78學年度起開始招生，新生註冊報到率高達90%。首任公衛系主任由許東榮教授擔任。

天然物醫學研究所（現名：醫學科學研究所）

由於公衛系成立曾因教室空間的不足引起學生的反彈，因此江萬煊院長對於天然醫學研究所的成立抱持著謹慎態度，經過負責人柯文昌教授與學生會的溝通協調後，學生對於天然物醫學研究所的成立給予全力的支持，而天然物醫學研究所也始獲准成立，並於1989年開始招生。

董事會於此10年爭議問題不斷，回溯問題的核心在於1960年成立北醫時，學校資產屬於「臺北醫學院董事會」，而非「臺北醫學院」，根據私立學校法第2條，各級私立學校應由學校財團法人申請登記，然而遲至1980年，此項財團法人登記均未完成，財務問題成為董事間爭議的來源。

1981年1月5日，教育部以北醫董事會第5屆董事任期屆滿，卻遲遲無法改選新的董事一事，而勒令解散董事會。這項董事會改選風波主要是起因於第4屆董事會常務董事會決議，由董事會辦理統一收支案，造成全校經費由董事會統籌辦理，而董事間對於經費的流向產生疑慮所導致。

1978年8月1日，學校財務改由學院辦理收支之前，全校的支出除學校運作的必要款項以外，主要是在於附設醫院的工程款、醫療設備費，以及遷校擴建的購地費等。其中，1977年2月至1978年7月止，董事會為了擴建校地購買位於林口、南崁、新竹、楊梅等土地作為新校區的建地，所引發的財務爭議最大，曾引來教育部嚴重關切。董事間因此疑慮而無法就董事會改選事宜達成協議，經過多次展延，最後在教育部的命令下解散。1982年9月22日在教育部的協助下，方才成立新的董事會，由林山鐘董事擔任第6屆董事長。