展步邁進
1991-2000
穩定之錨
1981年董事會因內部的爭議，首次被教育部下令解散，至1992年止爭議仍未完全解決，造成第9屆董事改選無法完成，因此1992年4月6日教育部再次解散董事會。由教育部成立董事遴選小組推薦國內醫界領袖謝獻臣等11人，組成新的董事會，協助北醫重整。
新的董事會有8位是當時國內醫學院或附設醫院現任或前任院長、副院長及學者，3名為校友。沒有過往沉重的包袱，以醫學教育專業及校友為主的組合，讓董事會重新扮演穩固學校發展的角色。1990年代北醫的校務，便在董事會的支持與協助下，開創新的局面。
- 第9屆董事名單(1992-1995):董事長:謝獻臣，董事:于俊、尹在信、林國信、韓詔華、陳維昭、吳成文、葉純甫、徐明達、藍忠孚、吳坤光
- 第10屆董事名單(1995-1998):董事長:謝獻臣，董事:于俊、尹在信、林國信、韓詔華、陳維昭、吳成文、葉純甫、徐明達、洪奇昌、李祖德
- 第11屆董事名單(1998-2001):董事長:謝獻臣，董事:于俊、尹在信、林國信、韓詔華、陳維昭、吳成文、葉純甫、徐明達、洪奇昌、李祖德、駱錦明、邱孝震、張文昌、洪傳岳。2000年4月，謝董事長不幸病逝，吳成文先生繼任董事長
第二校區開發
1991年住友開發案協議失敗後，北醫已確定立足信義區，尋求第二校區的方向。因此，在這個10年董事會與胡校長均著眼於尋求適合北醫發展，土地取得成本合理的第二校區。曾經詳細評估地點包括:楊梅、宜蘭、竹南等地，後經討論決議以竹南為第一優先考量。2003年，雖然董事會仍以第二校區為學校重要發展的計畫，但因雙和醫院經營權爭取，以及附設醫院第三醫療大樓的興建，均需要龐大的資金，在資金尚未獲得解決前，第二校區開發案便暫緩下來。
為了擴大學校發展空間，在此 10 年中北醫仍積極尋 覓適合之校地，圖為竹南校地討論會議
各項建設
1990年代，新大樓陸續興建，並配合校內師生的需求及因應資訊時代的來臨，全校也設置共同服務中心與建置e化環境，讓北醫師生享有便捷舒適的研究、教學環境。
空間建置
此時期最顯著可見的變革是教學研究空間的增加，一系列新建築陸續完工:教學研究大樓(1993)、附設醫院第二醫療大樓(1994)、拇山學苑(1996)、體育館(2002)與醫學綜合大樓(2003)。創校以來舊建築長期使用也漸露疲態，學校啟動更新工程:附設醫院第一醫療大樓(1996)、杏春樓(1998)、楓林廣場(2000)、形態學大樓(2001)、實驗大樓(2002)。10年內，舊建築重新展現風華，改善空間配置配合現代師生需求，新建大樓則增加數千坪的樓地板面積，實際解決長年空間不足的問題，為教學研究能量的提升，提供良好的硬體基礎。
教學研究大樓與附設醫院第二醫療大樓(原名病房大樓)
教學研究大樓與第二醫療大樓是江萬煊院長任內努力推動的兩項重要工程，後經董事會排除財務困難，通過興建計畫。教學研究大樓興建計畫緣於市府拓寬道路並興建公園，北醫早期建物藥學大樓被拆除，教學研究空間嚴重不足，因此於1998年10月26日董事會議決議通過，興建地上十層地下一層之教學研究大樓。由於建坪達3,417坪，教學研究大樓不僅提供校內師生極需的教學研究空間，進駐的學術單位除藥學系所外，尚有營養、護理、公衛系、病理科和研究所等。1990年6月動土興建，1994年3月26日舉行落成啟用典禮。
附設醫院第二醫療大樓的興建計畫於1987年11月23日董事會通過，由於原土地屬於住宅區，初期僅能規劃為四層樓高建物，考量未來發展性，經與臺北市政府多次協商後，以地上八層地下二層120床申請興建，並於1988年獲教育部核准。第二醫療大樓的興建，補足了衛生署教學醫院評鑑要求至少300床方才符合區域醫院的標準，同時，因榮總77學年度起不再收受北醫實習生，長庚也以長庚醫學院成立減少北醫實習生名額，第二醫療大樓及時解決學生實習場所不足的教學問題。
第二醫療大樓於1989年動土興建，1994年6月4日舉行落成啟用典禮，也因為校區用途重新規劃，屹立30年的校門因此換了方向，由面對吳興街改變為面對吳興街220巷，北醫的面貌煥然一新。
拇山學苑
拇山學苑是1993年市府拓寬道路，拆除男生宿舍後所興建的學生宿舍。這棟建築地上九層地下二層，基地面積864坪，總地板面積3,591.3坪，可提供男女同學800名住宿床位。採4人1房，每房各設有衛浴設備及冷氣空調，並提供電腦網路系統、電視天線、逆滲透生飲設備等。在地下一樓還設有交誼廳、洗衣部、餐廳、便利商店等，給予每位住宿學生一個優良便利的環境。此外，拇山學苑頂樓還特別設立了「群英樓」，為招待校友及來訪貴賓住宿之用，且將6間精緻套房分別命名為:「松軒、竹軒、梅軒、蘭軒、菊軒、荷軒」。此建築於1994年10月開工，1997年完工落成。
醫學綜合大樓動土，左二為胡俊弘校長
醫學綜合大樓與體育館
興建醫學綜合大樓是胡俊弘校長就任後，擬定改制醫學大學計畫的硬體規劃之一，1994年由許常吉建築師完成初步規劃。1995年，學校爭取接辦萬芳醫院必須投入鉅額資金，因而延緩此一計畫，直至1997年，胡校長於董事會中提出醫學綜合大樓興建計畫草案，經董事會討論通過支持。此後，校內舉行多次會議討論，並公開競圖，最後規劃為「醫學綜合大樓」與「體育館」兩大區塊，總樓地板面積高達14,500坪，超過北醫創校以來所有建物樓地板面積的總和。
整體工程於1999年12月18日動土，2000年3月9日正式開挖，歷經3年，體育館先行落成，於2002年12月23日啟用，樓高十六層地下三層的主體建物則稍晚於2005年6月1日正式啟用。體育館可分為綜合球場及室內溫水游泳池，還搭配SPA、蒸氣室與烤箱等附屬設備，解決了原有操場易受風雨影響的缺點;醫學綜合大樓則分為前、後棟，規劃作為行政中心、圖書館、實驗研究室、教室以及學生活動用。由於興建工程需破壞原有校園景觀及活動設施，在動工前即著手規劃校園植栽與更新等問題。為了將校內原有的植栽做妥善的處理，舉辦一系列「楓香永續」活動，並配合校內舊建築更新工程，使得醫學綜合大樓完工時，整體校園環境也完成全面性的改善。
行政服務
空間建設的同時，行政管理中心的規劃也一併進行，此時e化環境的建置及統合全校資源共同運用為重要課題。
醫學資訊暨電子計算機中心
1994年8月1日，醫學資訊暨電子計算機中心(CenterforBiomedicalInformatics)成立，由邱文達教授暫兼主任，翌年1月，醫學系第26屆畢業校友李友專返國接任中心主任。中心除進行醫學資訊研究工作外，也配合校務行政電腦化，建置校園網路與醫療資訊課程，讓同學可以透過電腦選課、查閱成績、甚至連上臺灣及國際學術的網路，達到資源共享的目的。
經過醫資中心同仁的努力下，校園網路於1995年開放啟用，讓全校同學都能享有國際網路的便利。中心不僅提供基本網路應用的連線，亦加強建立全球資訊網路(www)，使全校師生能夠蒐集到豐富的醫學資源。此外，此中心也推動醫學資訊學的研究，強化教學研究之功能，提升醫療服務之品質，進而整合醫療及教學資訊系統，帶動北醫成為臺灣醫學資訊研究中心。
2000年改名大學後更名為「資訊服務處」，2006年又組織變更為「資訊處」。
1998 年諾貝爾醫學獎得主慕拉德蒞校演講，精彩的演說為師生帶來廣闊視野
成立共同服務中心
為了提升教學與研究的品質，並且整合有 限資源達到最高效益，此時校內成立各種共 同服務中心，包含共同儀器中心、教材教具 中心與實驗動物中心，另外，為了加強學校 與校友、社區的聯繫，成立出版中心。
共同儀器中心，成立於 1994 年 8 月， 目的是配合各科系所發展教學研究的需 要，將校內貴重研究儀器統一管理，一方 面可以物盡其用資源共享，同時也可以增 加不同領域研究者互相合作的機會。
教材教具中心，成立於 1994 年 8 月， 主要是為提升教材品質而設立，鼓勵教師 製作並運用多媒體教材。因此中心擁有多 項製作教材儀器，及播放設備，對於教師 改善授課效果有實質的效益。
實驗動物中心，成立於 1993 年。北醫 在此之前實驗動物因品系與飼養環境的限 制，研究水準遲遲無法提升，此中心將全 校各動物飼養室重新整合，規劃出無菌動 物飼養室，提高了實驗研究的準確度，是 研究提升很重要的基礎。
出版中心，成立於1999年，主要工作在於整合全校刊物、文宣，及歷史紀錄，負責創刊並發行《今日北醫》、《健康快遞》，及《新臺北醫學期刊》3份刊物。
《今日北醫》是取代北醫發行已近40年的《北醫校訊》，為針對校內與國內外校友發行之刊物;《健康快遞》則協助附設醫院與萬芳醫院提供社會大眾醫療資訊;《新臺北醫學期刊》為輔助校內師生研究工作的學術刊物，透過嚴謹的審查制度及輔導寫作，增加校內師生投稿國際學術期刊的能力。以上行政服務中心讓北醫師生在教學、研究，乃至於行政的效率都大為改善;硬體的增加、更新，以及行政機能的強化，讓此時期北醫能快速發展，迎頭趕上其他醫學院校。
系所成長
配合醫療環境分工逐漸多樣化的需求，並以「健康大學」為目標，北醫積極籌劃成立新的系所。
在大學部，因應全民健保實施帶來醫療機構經營型態的變化，於1997年成立醫務管理學系，這是北醫第一個管理學系，首任系主任為盧美秀教授，招收學生50人，學生學習的課程內容包括政策擬定、企劃、績效、成本制度等。1999年，生藥技術學系成立，由楊玲玲教授擔任首任系主任，依北醫長期研究生藥學與生物資源的經驗給予在職生進修學習，2003年8月更名為生物資源技術學系。
除大學部課程外，學校也考量校地短期無法擴大，研究所成為此時期發展重心，因此10年間從只有醫學、藥學兩研究所，快速增加生藥學研究所、細胞及分子生物研究所、護理研究所、保健營養學研究所、公共衛生學研究所、醫學資訊研究所、醫務管理學研究所、傷害防治學研究所、生物醫學材料研究所、藥理學研究所、口腔復健醫學研究所，至2000年北醫已經擁有9個學系，13所研究所，改名大學後則整合為5個學院。
在系所成長帶動下，學生人數由1991年的2,937人成長為4,285人，專任教師人數從191人，增加為311人(兼任教師439人)，10年內學生成長四成五，專任師資成長超過六成。
學校不僅在校內進行研究 工作，也積極對外尋求合作對象
接辦萬芳醫院
謝獻臣董事長 ( 左 ) 與陳水扁市長簽定萬芳醫院委任合約
萬芳醫院是北醫自1976年設立附設醫院後第二家附屬醫院，也是校務發展重大的突破，不僅讓北醫首次踏出吳興街的街廓，同時也向國人證明了北醫體系經營醫院的能力與魄力。
1995年底，臺北市政府決定將落成多年卻閒置未用的萬芳醫院以「公辦民營」模式，委託民間經營。在董事會的支持下設立「萬芳專案工作小組」，由胡校長擔任主任委員，當時的盧美秀教務長、附醫陳庵君院長、吳志雄、曾啟瑞、邱文達3位副院長擔任副主任委員、雷宗憲擔任執行秘書、張維容擔任專案專員，以及學校、附醫多位同仁共同組成。
由於萬芳醫院屬臺北市政府首宗公辦民營的醫療機構，各醫學院校與機構多有疑慮，1996年3次審核，除第一次有慈濟醫學院申請外，第二與第三次都僅有北醫提出申請。萬芳醫院經營權，終於在北醫鍥而不捨的努力和堅持下，辛苦但順利地取得。
1996年7月17日，陳水扁市長、陳寶輝局長(衛生局)和謝獻臣董事長、胡俊弘校長簽下萬芳經營9年合約。
同年8月9日北醫立刻成立萬芳醫院籌備處，胡俊弘校長擔任籌備處主任，並任命北醫附設醫院邱文達副院長為執行長。展開了緊鑼密鼓的籌備工作。從衛生局手中接手，除了建築物本身外，一切從零開始。籌備處同仁以院為家，全年無休，進行制度規劃設計、人員招募、工程發包、採購儀器設備、執照申請等大大小小的開院作業。
萬芳醫院依照合約在半年內開院，1997年2月15日正式開幕，董事會通過，胡校長提名邱文達醫師為萬芳醫院院長。
校友回饋
於此時期，畢業於北醫的校友逐漸在海內外嶄露頭角，長期奮鬥後也開始回饋母校。
在人力上，北醫師資早年必須仰靠臺大體系支援，隨著畢業學生於海內外獲得更高學位，並在自己的專業領域長期耕耘，逐漸嶄露頭角，開始能回饋母校。在此時期，這些鮭魚回潮的學者帶給北醫很大的能量，也促成了校內許多研究中心的成立。
另一項北醫重要的回饋在於捐款。由於校務發展迫切需要資金，除了透過學校整體發展的提升，爭取教育部更高額的補助經費外，也學習歐美大學運作的模式，將校友的力量加入，以加快學校建設的腳步。首次募款餐會在1994年12月18日於臺北世貿中心聯誼社寶石廳舉行，由當時的校友總會郭許達會長與胡校長共同主持，募款標的為拇山學苑。當天校友慷慨解囊、氣氛熱烈，認捐達新臺幣500萬元以上。
募款辦公室為募款正式組織，於1996年成立，負責規劃募款計畫、執行，及徵信工作等，並配合校內建設，推出了一系列的募款活動。儘管在臺灣私校捐款風氣未開，靠著熱心校友與學校的共同努力，到90學年度止，北醫年度的募款金額已達到2,367萬，619人次。其中，1999年藥學系第4屆趙宇天校友捐款甚至高達100萬美金，成為北醫有史以來最高額的一筆捐款。
趙宇天校友(右)捐贈美金 100 萬股票，由胡俊弘 校長(左)代表接受捐款
校園文化
創校時的建築鋁皮屋，於 1999 年 10 月拆除，拆除 前同學在牆面貼上黃絲帶寄于祝福
在這10年中，以「醫學人文」為核心的校園文化逐漸建立。透過校內的活動，北醫整體營造尊重生命、愛校及全人教育的精神。
1994年3月26日，校史館在教學研究大樓一樓啟用，創校以來的重要文物與簡史均陳列於館中，除了開放館藏外，建立校史館過程中，校內師生與校友的參與也成為校史文化認同的過程。
1999年，為了醫學綜合大樓的興建，校內成長多年的楓香校樹必須砍除，但學校卻選擇尋找有意願接納老樹的學校與個人，決定將校樹以遷移的方式讓楓香校樹能繼續繁衍，最後於3月21日將280棵校樹遷移至東吳大學、實踐大學、育達商職、臺北大學，及桃園邱振益先生處。
倡議尊重生命的重大活動，還有醫學院校每年必須進行的「慰靈祭」。2000年，為了讓學生體會生命的可貴，及大體捐贈者的偉大情操，學校將以宗教儀式為主的慰靈祭，改為學生共同參與，並且讓學生與家屬互動的「解剖英靈追思會」，把此活動提升為學生醫學人文學習的一環。
針對醫學生的人生使命，關愛學校，熱愛研究以及學校與學生、家長的互動，每一年都有特定意義的例行性活動，包括「白袍典禮」、「校園走透透」、「穆拉德週」、「展臂歡迎新朋友」，讓北醫這個10年校內充滿新的氣息，也化解了上一個10年學校與學生間緊張的關係。
結語
1990年代，臺灣高等教育改革使得大學數量急劇膨脹，1991年、1994年，長庚與慈濟分別設立醫學系開始招生，兩所私校擁有資源龐大的財團與宗教團體的力量，搭配完善的教學醫院，讓北醫面臨前所未有的挑戰。
北醫身處高度競爭的年代，在董事會的支持下，胡校長及校內團隊採取了與過去30年不同的積極發展策略，包括爭取萬芳醫院，擴大附設醫院，增加校內硬體空間與人力的資源，以及快速的進步爭取教育部的經費支援。危機成為轉機，從1990到2000年，10年來各項校園重大硬體建設，以及廣設系所的實質成效正逐漸發揮影響，獲得具體的成果與肯定，讓北醫從建設遲滯不前、方向不明的狀況下脫胎換骨，最明顯的實例便是2000年9月8日，教育部核定「臺北醫學院」正式更名為「臺北醫學大學」，讓許多北醫人的美夢成真。
面對二十一世紀，北醫的新問題不再限於國內競爭的對手，全球化的浪潮讓挑戰再度提升，如何持續提升研究能量，爭取各方經費以帶動北醫站上國際舞台，成為改名大學後的北醫最大的挑戰。
