追求卓越
2001-2010
開源節流
推動節約與醫院財務回饋
回顧北醫的歷史，財務的問題向來是北醫發展的限制。為了要改善學校財務，透過成本中心的概念，建立各系所自力更生的經營理念，達成預算增加但來自校內提撥預算之百分比逐年減少的成果。同時精簡全校人事，進行人力盤點以減少不必要的支出浪費，可讓各單位人力互相支援互補，以支應各項階段性任務。對於全校性的常態性支出，透過數據分析使各主管對各自單位的盈虧及使用績效有初步的認識，以達到節省開支的效益，將有限的財務資源做最有效的運用。並以企業化經營之理念，去除一切預算皆仰賴學校的心理，讓各單位建立以有限資源做最有效率應用的理念與習慣。
在沒有財團或宗教團體的支援下，學校的發展僅依賴學雜費，難以產生盈餘供校務發展。但自2000年起，萬芳醫院擺脫營運初期向學校借貸的情況，轉而挹注學校發展;而附屬醫院亦扭轉20餘年來的虧損情形，於2001年首次轉虧為盈，開始為學校帶來利潤。學校也採取多元化的營運方式，開拓以學校與附屬醫院專業為基礎的商機。將「北醫」視為一個品牌，發展各項附加價值的醫療服務與產品。
本校與奇美醫院簽署建教合作，圖為許重義校長 ( 左 ) 與詹啟賢院長 ( 右 )
本校與師範大學學術合作結盟
異質結盟
北醫透過異質或同質結盟與其他單位展開合作，增進教學與研究的成果。2001年首先與中原大學組成異質同盟，進行教師之跨領域研究合作計畫，經由雙邊開放選修課程，達到降低授課成本與提升教學內容與多元性的效益。2005年與臺灣師範大學、臺北大學結盟，在課程、師資、研究、推廣教育與醫療服務方面互相交流、共享資源。
自2000年起，北醫也開始與多所醫院結盟，在學生見實習及學術研究方面合作，合作之專題研究計畫經費由結盟醫院提供，結盟醫院有:新光、國泰、馬偕、奇美、敏盛、童綜合與臺中大里仁愛醫院等，94學年度通過的計畫已達50件，經費總計約3,500萬。此外，學校並有數位圖書館計畫讓臺北市立聯合醫院等多家醫院加入，共同分享數位圖書資源。
推動募款拓展資源
由於附設醫院第三醫療大樓與雙和醫院的興建工作持續進行，推動募款就成為此時重要的工作。透過加強校友服務，凝聚向心力、開發新的募款對象，以及制訂徵信及致謝等配套措施，來提高校友與企業的認同感。鼓勵各學院自行募款，除可指定用途外，校方並以1:1的方式提供配合款，另與Give2Asia合作，讓海外的校友可經由公開透明的管道捐款回饋母校。
在校友捐獻與企業捐助下，這段時間北醫募款績效大幅提升，一校三院募款總收入從90學年度的3,204萬元，至98學年度時已達到2.59億元，成長率高達8倍，也讓北醫的財務運用獲得最大的支持。
硬體建設
醫學綜合大樓
在硬體建設方面，費時3年的臺北醫學大學體育館興建完成，於2002年12月23日落成使用。體育館以現代化的建築外觀，分為綜合球場與室內溫水游泳池兩部分，其中室內溫水游泳池包含多功能的SPA、蒸汽室、烤箱等附屬設備，更是全國大專院校的首例，提供給北醫師生一個綜合體育教學及恢復疲勞的運動休閒空間。醫學綜合大樓主建物也在2005年6月1日時正式啟用，使學生與教職員擁有更舒適寬廣的活動空間。加上口腔醫學大樓、杏春樓、體育場等整修補強工程，都讓北醫在硬體設施上日益完備。
醫學綜合大樓
50 週年校慶時的鐘樓與風雨走廊
美化校園景觀
為美化校園景觀，學校興建景觀走廊，結合校區內原有建物迴廊，將全校建物緊密的連成一體，除可方便天雨時師生往來各校舍外，更兼具美化校區景觀的附加價值。以質樸頁岩為建材的「風雨走廊」長約130公尺，以輕質人造石(文化石)塑造牆面風格，連結校園內各大樓，紀念廣場及教研大樓前則設立「行人徒步區」，並於廣場中央鑲嵌校徽，以象徵本校承先啟後的精神。走廊周邊種植的洋紅風鈴喬木，再搭配多年生的羅漢松、杜鵑等灌木，與鼠尾草及立體草坡，展現出四季繁花盛開的不同風貌。而周邊相關公共藝術(如沉思者者雕像、王俠軍老師雕塑作品「朝陽」、醫學之父希波克拉底雕像等)，更豐富了北醫的文化深度。經過黃頁岩美化的鐘塔，也是景觀規劃的重點之一，依據實用及造景之考量，鐘塔上方架設三面鐘，古典的鐘面設計，整點的鐘聲也提醒著學生上下課的時間。
附設醫院第三醫療大樓
為使附設醫院升格成為醫學中心，北醫長期籌備興建第三醫療大樓，以因應空間不足的問題。於2003年1月經董事會通過擴建計畫，於2月正式動工7，在2007年8月完工開幕啟用。將422床區域醫院規模，提升至750床的醫療空間，為一地下三層、地上十四層，建地1300坪，樓地板面積1萬6000餘坪的雄偉建築。第三醫療大樓為智慧型大樓設計，它的內部動線和病房設計由兩個三角形相扣而成，每間病房的採光相當充足，明亮寬敞的空間為一大特色。第三醫療大樓入口向內退縮，創造前方的開放空間，讓建築與前方擁擠的車流有緩和的空間，戶外廣場巧心的造景與精心點綴的植栽，在密集住宅群中釋放出綠意空間，開闊原本擁擠的社區街道。
提升品質
ISO國際標準化
為了提高行政績效，本校自2008年11月起導入ISO品質系統觀念，以「品質是北醫卓越頂尖的保證」為目標，率先全國大專院校通過了新版ISO9001:2008(品質管理)及ISO14001:2004(環境管理)雙驗證，證明北醫不但擁有極高的執行力，同時在制度面也朝向永續發展而努力。除全面推動品質績效外，亦十分重視師生教學環境及安全，隨後亦陸續通過OHSAS18001:2007(職業安全衛生)、ISO27001:2005(國際資訊安全品質)、ISO14064-1:2006(溫室氣體外部查證)等國際標準化作業，並分別於2009年10月與2010年7月通過世界衛生組織(WHO)評鑑，成為國內第一所通過國際安全學校認證(ISS)與人體實驗認證(FERCAP)的學校。
無菸餐廳推廣活動
國家品質獎
本校追求品質的腳步在50週年校慶前夕也獲得最大的肯定，於2010年4月受頒國內最高品質榮譽獎項的「國家品質獎」，除了代表北醫在辦學品質與醫療服務的成效卓著，也表示本校將品質管理的精神充分發揮。隨後北醫一校三院也都分別獲得該獎項，自萬芳醫院獲第13屆後，臺北醫學大學、北醫附醫及雙和醫院，連續3年分獲第20、21及22屆國家品質獎殊榮。
社會責任
社會服務
在學術研究與教學活動外，北醫也積極參與各項社會服務，例如公共衛生學系韓柏檉教授自2002年起，結合民間企業執行衛生署「無菸餐廳推廣計畫」。2003年與臺視文化公司合作，接下「無菸餐廳」第一年的推動計畫，成功地招募770家業者加入「無菸餐廳」的行列。翌年，再度獲衛生署委託，進行擴大「無菸餐廳」的招募與推廣計畫。在此基礎之上，韓教授積極推動「北醫無菸餐廳一條街」的計畫，吸引北醫附近吳興街與莊敬路一帶共100多家店家參與，成為全國第一且「無菸餐廳」密度最高的地區。這個活動不僅能提升全民的健康，並也大大地提升了北醫的社會知名度。
另外，傷害防治學研究所蔡行瀚教授研究發明設計「全國空中緊急醫療救護諮詢中心」，建置19處遠距視訊系統，提供全天候緊急醫療會診，執行離島偏遠地區急重症傷病患空中轉診之協調與審查工作，成功搶救數以千計的生命，連續3年榮獲國家生技醫療品質獎及標章，每年更節省政府公務預算達1億餘元，於2006年奉衛生署正名為「行政院衛生署空中轉診審核中心」，並獲得2008年國家新創獎殊榮。
學生前往泰北茶房鄉義診
在社區性服務措施方面，則以北醫附近社區為範圍，擴大推行各項學生活動，讓學生在課業研讀之外，也學習服務社區的精神與理念，例如參與鄰近公園與道路環境維護，探訪獨居老人、協助義診、衛教宣導等等。
北醫也是全國各醫學大學中社會醫療服務隊伍出團數量最多的學校，其中成立於1972年的臺北醫學大學社會醫療服務隊第一隊，於2003年1月間，前往泰國北部茶房鄉(Wawi)進行醫療及公共衛生服務工作，是為臺灣第一個由學生社團主導推行的海外醫療工作團。北醫學子將眾人熱心奉獻的物資、金錢和心力，跨國帶給需要的人們，也將北醫的精神推展到國際。
北醫醫學營從2002年開始舉辦以來，秉持著將正確看待醫學的方式紮根於青少年，並給予正確的醫學人文觀，希望讓學生及早自我探索，接觸醫學領域，找出自己的興趣。隨著逐年舉辦建立的口碑，廣受國高中學子與家長之肯定，每年寒暑期的醫學營隊遂成為本校特色之一。
北醫榮獲綠色大學，邱文達校長(右)簽署塔樂禮宣言
綠色大學與永續社會責任
善盡社會責任一直為北醫所秉持的信念，將永續發展的精神融入校務發展、教育研究、課程規劃、人格培育當中，成立「綠色大學推動委員會」與國際接軌盡心力，2009年5月1日本校獲選為13所示範綠色大學之一，並於同年6月4日簽署塔樂禮宣言，與世界378所綠色大學同步肩負世界公民及國際頂尖大學之責任。本校的節能減碳綠色具體作為，包括綠色校園建築規劃設計、綠色行為建立、綠色採購、可再生能源應用、減少廢棄物及環境教育等。
北醫也於2009年完成「永續發展報告書」，並通過英國標準協會(BSI)嚴格的第三者獨立查證，成為國內第一個通過該查證的學校機構，獲得全球永續發展報告書協會第3代綱領(GRIG3)證書，同時也達到AA1000AS國際查證標準，建立一份與國際接軌並兼具公信力的報告書。透過企業社會責任報告書與多梯次友邦海外醫療服務團，北醫也展現了國民外交與善盡國際社會公民的企業責任。
行政革新
以學生為優先的教育措施
北醫引入了以學生為優先的教育觀念，宣導以學生教學為學校的最優先任務，並增加學生對教學績效之反應與評鑑，重新設計以學生為主的教學評鑑制度。為提高學生的自主性，自93學年度起，由學生會暨各系系學會自行訂定該學系的教學評鑑辦法及問卷，並負責執行評鑑工作。並設有教學評鑑委員會網頁及學校學生MyTMU網頁，提供各項評鑑辦法、問卷格式、結果報告與會議紀錄以供查詢討論。
為提高學生學習效果，自92學年度起成立教師發展中心，協助教師自我成長，提升教學品質及研究能量，培養教師行政服務能力與應變能力。
行政資訊化
北醫作為一所都會型的大學，位於臺北市信義計畫區的精華地段，地價昂貴，周邊擴充空間已屬飽和，校園空間相對不足。因此校園全面e化以擴展無限之虛擬空間，成為北醫建置資訊化校園環境的目標。
行政無紙化、電子化(Paperless，Film-less)讓全校師生在教學、研究及行政上能充分應用網路資源，以提供更優質的教學環境與行政服務。透過公文發布及業務處理的全面e化，大幅改善了公文流程掌控與簽核效率，不但可以減少行政人事成本，也能避免作業延宕的情形，增進整體行政效率。
學生的學業、操行亦可經由e化而建立提早預警的機制，作為輔導學習的重要工具。資訊處所建立的MyTMU整合服務網站，提供學生社群專屬討論區、行事曆、以及電子相簿，並將老師授課內容及學術資源呈現在網站上，讓學生可以隨時取得，使電腦資訊中心成為醫學院教室，不只可以有更好的學習效果，也減少了老師們授課的負擔。並逐步完成歷史成績電腦化，縮短校友及同學成績申請時效。除此之外，也與附屬醫院的資訊系統也著手進行整合，將附屬醫院的掛號、健保費申報、病歷影像、病患檢驗等資料庫整合共用。
招生多元化
1994年教育部試辦推薦甄選入學以來，至2002年大學多元入學政策正式全面施行，賦予各校自主招生，從考試登記分發、甄選入學、申請入學及免試入學等，使各系依特色訂定招生條件，招收適才適所的學生。北醫自92學年度起，便積極配合政府政策，透過多項招生管道，吸引優質學生至本校就讀。
本校92學年度首度辦理大學推薦甄選入學，招收71名學生，隔年甄選入學改制分為學校推薦甄選入學與學生個人申請入學兩種管道，分別招收98名與54名，加上考試分發的727名學生，北醫的多元入學方案大致成形。至100學年度本校也首次辦理繁星推薦甄選入學，為平衡城鄉資源差距，以招收來自不同地域的優秀人才，共招收繁星學生96名，隨後甄選入學的名額也逐漸提升，至107學年度時已至710名，與首度辦理時增加10倍，讓北醫得以招收志向與能力兼備的優秀學生。
系所發展
自2000年改名為臺北醫學大學後，持續增設了許多新的學系所，並於2010年7月底通過教育部之核准，增設「醫學科技學院」及「人文暨社會科學院」，正式步入國際級大學之林，與北醫興學的使命「為培育兼具人文素養與社會關懷之醫學專業人才」更為相符。
醫學院於2001年成立二年制呼吸治療在職進修專班，並於2003年設立全國第一個大學部日間呼吸治療系;2002年成立藥理學研究所;2003年設立的醫學人文研究所，不僅是北醫第一個人文科學研究機構，也是國內第一個正式從人文角度來觀察醫學現象的跨領域學術單位，建立醫學與人文對話的橋梁。
口腔醫學院於2001年設立全國第一個招生的口腔衛生學系;牙醫學系於2004年起開始招收博士班;2007年成立牙體技術學系，並先後成立生物醫學材料研究所與口腔科學研究所，後將上述兩所整併並更名為生醫材料暨工程研究所。
藥學院將藥學系系所合一，包括學士班、碩士班、博士班之組織架構，師資分為四組(藥物化學、藥物分析、藥劑、臨床藥學)，2004年後陸續增加生藥學、食品化學及生物製劑等3組，成為7個學組。
護理學院2000年成立護理學研究所在職進修專班;2004年護理學研究所增設麻醉照護組及老人組;2005年護理學系增設麻醉護理二年制在職專班;2006年成立護理學研究所博士班;2007年成立老人護理暨管理學系。
公共衛生暨營養學院於2001年設立公共衛生研究所博士班，並於2006年增設傷害防治組、流行病學組及環境衛生組;2003年設立保健營養學研究所博士班。
SARS 對國內醫療體系造成極大衝擊，也突顯出呼 吸治療人才培育的急迫性，圖為附醫於校內設置之 SARS 體驗館
研究成果
成立研究發展處
北醫為了實現成為一流大學的目標，因此特別重視學術與實務上的研究成果，為了有效進行研究工作，於2003年8月成立研究發展處，並於9月由林建煌教授擔任首任研發長。研究發展處前身為教務處研究教學組，下設企劃組、研究管理組、產學合作組3組及創新育成中心、實驗動物中心、共同儀器中心與教材教具中心。
為鼓勵教師與主治醫師從事研究，北醫訂定校內專題研究計畫輔助，積極提升研究成果，數年間，北醫所獲得政府機關的補助研究計畫、產學合作計畫與結盟醫院計畫，均穩定成長。校內外研究計畫件數與金額，從2002年的311件、2億7500萬元，至2009年已增加至551件、6億2,400萬元。北醫發表的SCI論文數及每位教師平均發表SCI論文數，也有顯著成長，從2002年261篇至2009年已增加為808篇。
此外，北醫也積極推動教師對外研提整合型研究計畫，舉辦各項大型計畫說明會，以提高教師學術研究整合，並帶動共同申請整合型研究計畫的風氣。為提升研究能量，自97學年度起亦將結盟醫院醫院計畫撥入一部分經費作為整合型研究計畫總經費，計畫件數及金額成果顯著，從91學年度總金額1,200萬元，至98學年度已提升至3,600萬元。
頂尖大學與教學卓越計畫
2005年，教育部提出「發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫」，編列特別預算5年500億元，提供具發展潛力大學拔尖用途。北醫提出申請，經過17位審議委員嚴格的篩檢後，在29個學校的強力競爭中脫穎而出，成為進入決選的17所大學之一。由於此次計畫補助金額龐大，因此國內各具規模的大學無不全力以赴，北醫雖然未能入選最後複審的12所大學，但學校深耕學術研究的成果也獲得一致的肯定。北醫所提出以中風研究為目標的「頂尖中風研究中心」，最終得到教育部兩年內1億元的補助，成為教育部補助的5所大學頂尖研究中心之一。2003年6月，在黃際鑫醫師的捐助下，成立「黃際鑫醫師中風研究中心」，在流行病學、基礎及臨床深具卓越之成效。以此為基礎，獲得頂尖研究計畫補助後，更成立中風研究群，結合校外及國際知名學者，進行系列性之中風研究。
另外，教育部獎勵大學教學卓越計畫方面，北醫也在37所大學的競爭下，通過2006年5月底的複審審議，成為獲得補助經費的28所大學之一，總計得到教育部6400萬的補助。北醫長期缺乏政府與財團的支持，多年來篳路藍縷卻屹立不搖，且日益成長，為了提升學校的學術競爭力躋升世界水準，持續不斷地在學術研究領域展現成果，頂尖研究計畫與教學卓越計畫的勝出，不但獲得教育部經費的補助，讓學校有更充裕的資源進行研究，這更是北醫的努力受到學術界與教育界肯定之證明。
中風研究中心
創新育成中心
為充分拓展學校的研究、臨床及人才技術資源，支持企業發展，以提升產學合作效益，2003年8月成立創新育成中心，以有效運用北醫的基礎科學及臨床醫學之資源，落實產官學研之整合，建構利於中小企業創新與創業發展之環境，為臺灣生技產業注入創新能源。至2010年已累積培育50家企業，包含10家新創企業，協助企業申請政府補助計畫達1.56億元，進駐企業增資金額達7.08億元。亦積極輔導本校師生運用研發成果成立衍生企業，其中開發商品化包含有保健食品及保養品，成功協助廠商取得39件健康食品字號產品，為全國健康食品之20%，並完成多項醫療器材之商業應用。
國科會投資報酬率最高計畫
產學成果豐碩
本校致力於產學合作，持續投注研發能量協助產業進行技術開發、產品研發與建立企業核心技術，於2007年「大專校院產學合作績效評量」中，本校於「爭取產學經費與效率」、「智權產出成果與應用效益」、「產學合作成效廣泛程度」3項指標中分獲得第1、2、3名，並獲選為「爭取企業機構產學經費與效率」私立高教體系頂標學校之冠。於2008、2010年獲得教育部「產學合作優質學校獎」、2008、2009年經濟部「績優育成中心之最佳特色獎」、2008年國科會「傑出技術移轉貢獻獎」及2009、2010年「績優技轉中心獎」分別頒發的各種獎項。
為將學校研發成果導入產業界，同時提升專利獎勵措施下，本校學術研究團隊分別榮獲2007年「國家發明獎」，2008、2009年國家生技醫療產業策進會「國家新創獎」，2009年「國家發明創作獎金獎」等。另外，2008年本校更以2300萬元創下國內生技類技轉金額最高指標案件，並締造國科會投資報酬率最高的兩項紀錄。顯示本校所研發之技術，不僅是貼近廠商需求的關鍵技術，更是受到國家的肯定。
醫院服務
附設醫院與萬芳兩附屬醫院，雖然面臨全民健保制度的衝擊，但仍交出良好的經營成效。2004年附設醫院雖因病床數限制，無法升格為醫學中心，但也以其等同於醫學中心的教學品質，受評為全國唯一通過區域暨甲類教學醫院評鑑的醫院。2003年動工興建的第三醫療大樓，於2007年8月開幕啟用，使附設醫院病床數增加到750床，有助於附醫邁入醫學中心之林。
萬芳醫院於1997年2月15日正式開幕後，就以其高品質的醫療服務受到社會各界的認可。2002年10月31日，榮獲第13屆國家品質獎;2003年與臺北市政府續約成功;2004年7月，通過衛生署評定為醫學中心;2004年11月11日榮獲臺北市「市政品質精進獎」;自2002年起萬芳醫院連續5年獲北醫教學創新獎。其後更是受到國際肯定，2005年8月通過世界衛生組織審核通過，成為亞洲第一家獲得WHO認證之「健康促進醫院」;2006年7月，萬芳醫院通過國際醫院評鑑JCI(美國醫療衛生機構認證聯合委員會)的評鑑，成為全球第100家符合國際醫療品質的醫院。獲ISO14001:2004國際環境管理系統換證驗證。
雙和醫院基地第 1 期工程開工典禮
獲得雙和醫院經營權
以兩附屬醫院的經營成效為基礎，北醫積極拓展醫療事業的版圖。2003年以黑馬之姿，於該年12月的公告評選中，在長庚大學、中國醫藥大學、輔仁大學等激烈競爭中，脫穎而出，獲得雙和醫院這項全國第一間醫院BOT的經營權。
雙和醫院以提供中和永和地區民眾醫療服務為目的，由行政院衛生署核定採用BOT案，即「興建(Build)、營運(Operate)、移轉(Transfer)」。雙和醫院BOT案共分為A、B兩基地，占地約4公頃，興建工程分2期進行:第1期以急重症醫療為主，服務病床數為1,142餘床;第2期著重長期醫療照護;B基地則為第3期工程，著重教學及生醫科技之研究發展。由於中永和地區人口稠密，結合附設醫院所處的信義區及萬芳醫院的文山區、新店等，形成大臺北南區的三角地勢，是北醫走出吳興街彈丸之地的最大契機。因此，成功取得雙和醫院的經營權，可說是為北醫往後50年的發展奠定穩固的基礎。
2004年2月，行政院衛生署依約定撥款委託臺北縣政府辦理土方移除工程。同年3月8日，北醫和衛生署簽約，正式取得署立雙和醫院經營權。在縣政府的協助下，提前於2005年4月先行整地，10月5日舉辦開工典禮，正式動土，2007年4月24日舉辦上梁典禮。在動員全校近200位醫事人員的協助與規劃下，是為第一家取得綠建築標章的醫院，也是全國22件大型BOT案中，第一件依進度準時完工的。於2008年7月1日正式開幕，由邱文達教授擔任雙和醫院首任院長。
結語
北醫在邁入二十一世紀後，持續進行各項軟硬體的建設，並積極面對長久以來的財務問題，在缺乏財團或宗教團體資金的奧援下，運用開源節流的措施改善赤字;並推動觀念與行政的革新，以學生為優先的教育理念，配合e化的資訊校園環境，讓學生與教職員間產生教學互長的效果。
本校於完成改名為大學的目標後，秉持著追求卓越的精神，在創新教學、提升學術研究之質量外，更加緊國際化的腳步，以期成為更具競爭力的世界級大學。並透過財務、行政、決策的透明化，以避免過去的錯誤重現。
在整體醫療與高等教育環境艱困的情況下，北醫仍持續快速成長，除了從五學院擴增為七學院，並在雙和醫院加入後形成一校三院的醫療體系，專任教職員工超過5,000人，無論是教學、研究及服務都呈現大幅拓展。北醫醫療體系在這10年間獲得了各項品質認證與獎項，並以永續經營的概念，善盡社會公民的角色，承擔企業的社會責任。3間附屬醫院也於2010年陸續通過JCI評鑑，以及永續社會責任報告書(AA1000及GRIG3)雙項國際驗證，是本校國際化的一大步，也是創校50週年的最大賀禮。
